U niektórych osób po zastosowaniu preparatów z bimatoprostem mogą pojawić się skutki niepożądane, na przykład przekrwienie spojówek, ból głowy, nadwrażliwość na światło, a nawet światłowstręt, łzawienie lub uczucie suchości oka. Dzieje się tak zwłaszcza wówczas, gdy przy nakładaniu odżywki na rzęsy i brwi przedostanie się ona do oka. Należy pamiętać, że bimatoprost nie jest związkiem obojętnym dla ciśnienia w gałce ocznej i u osoby zdrowej może wywołać nieprzyjemne powikłania.
Do najpoważniejszych powikłań po stosowaniu preparatów z bimatoprostem należą: zapalenie spojówek, zapalenie brzegów powiek, powierzchniowe zapalenie rogówki , osłabienie siły wzroku i pogorszenie ostrości widzenia. Może też pojawić się uczucie ciała obcego w oku oraz obrzęk spojówki. Jakiś czas po stosowaniu odżywki z bimatoprostem może dojść do krwawienia do siatkówki, zapalenia błony naczyniowej oka albo tęczówki. Efekt porostu brwi i rzęs może też być odmienny od zamierzonego – włoski mogą pojawić się w nadmiarze, nadając twarzy nieestetyczny i groteskowy wygląd. Na cofnięcie się tych zmian trzeba niestety poczekać jakiś czas po zaprzestaniu stosowania bimatoprostu.
Ze względu na skutki uboczne stosowania odżywek do rzęs i brwi z bimatoprostem w niektórych krajach wycofano tego typu preparaty ze sprzedaży. W razie wystąpienia podczas stosowania preparatów z bimatoprostem któregoś z wymienionych powyżej skutków niepożądanych należy bezzwłocznie przerwać kurację i skontaktować się z lekarzem okulistą. Preparatów z bimatoprostem nie powinno się nakładać na podrażnioną skórę.
