Szczepionki przeciw zakażeniom HPV są bezpieczne dla szczepionych dziewcząt i chłopców. Przeprowadzony przez Europejską Agencję Leków w 2015 roku przegląd badań klinicznych, zgłoszeń niepożądanych odczynów poszczepiennych dokonywanych przez pracowników ochrony zdrowia oraz pacjentów, a także innych raportów dotyczących szczepień przeciw HPV nie potwierdził występowania związku przyczynowego pomiędzy tym szczepieniem a występowaniem u młodych kobiet szczepionych przeciw HPV:
-kompleksowego zespołu bólu regionalnego (CRPS),
-zespołu posturalnej tachykardii ortostatycznej (POTS).
Schorzenia te z jednakową częstością występowały w grupie kobiet szczepionych i w grupie kobiet nieszczepionych.
Przeciwwskazaniami tymczasowymi do szczepienia są wysoka gorączka ostra infekcja. Nie szczepi się dziewczynek nadwrażliwych na substancje czynne.
